În urma consultărilor cu Bisericile susţinătoare în anul 2008 s-a înfiinţat Centrul de Cercetare ITP având misiunea de a întruni şi coordona activitatea diferitelor cercuri şi ateliere de cercetare existente în cadrul Institutului. Centrul de Cercetare ITP funcţionează după propriul Statut, elaborat de către Consiliul Cercetării Ştiinţifice. Centrul de Cercetare ITP are misiunea de a întruni şi coordona activitatea diferitelor cercuri şi ateliere de cercetare existente în cadrul Institutului.

Centrul de cercetare ITP beneficiază de susţinerea economico-financiară a Bisericilor susţinătoare, precum şi de sprijinul următoarelor unităţi de cercetare şi biblioteci:

Centrul publică rezultatele cercetării în revista sa teologică de specialitate, Studia Doctorum Theologiae Protestantis.

Noul sediu al Centrului de Cercetare ITP, înfiinţat în urma recomandării echipei ARACIS, se află în curs de renovare, terminarea lucrărilor fiind prognosticată la septembrie 2015. Adresa noului Centru de Cercetare ITP este P-ţa Avram Iancu Nr. 14, în imediata vecinătate a sediului ITP, unde se va muta şi întreaga Arhivă a Eparhiei Reformate din Ardeal, o sursă vastă de material istoriografic şi teologic, mai ales în domeniul sistematic, canonic şi practic (liturgic şi catehetic), care va facilita activitatea de cercetare a cadrelor şi studenţilor ITP.