Az 1940. augusztus 30-án megkötött II. bécsi döntés következményeként az Erdélyi Református Egyházkerület két részre szakadt. Körülbelül 240 000 dél-erdélyi református hívő maradt idegen uralom alatt. Vásárhelyi János püspök és az Erdélyi Református Egyházkerület Igazgatótanácsa megbízta Nagy Ferenc esperest és gróf Bethlen Bálint főgondnokot, hogy szervezzék meg a dél-erdélyi gyülekezetek igazgatását. Az Egyházkerületnek arról is döntenie kellett, hogy hogyan szervezik meg a Dél-Erdélyi Egyházkerületi Rész lelkészképzését. 1941. tavaszán továbbképzőt szerveztek a teológusoknak, amelynek elvégzése után befejezhették megkezdett teológiai tanulmányaikat. 1941. szeptemberében sikerült elindítani az oktatást a Nagyenyedi Bethlen Teológiai Akadémián, négy tanszékkel és négy főállású tanárral.