A tudományos kutatás a keresztyén teológia klasszikus felosztás szerinti tudományágai, illetve azok határterületei mentén zajlik. A kutató műhelyek tevékenységeinek eredménye az Intézet által szerkesztett szakmai folyóiratokban (Studia Doctorum Theologiae Protestantis, Református Szemle, Keresztény Magvető), más hazai vagy nemzetközi szaklapokban, illetve könyvekben, monográfiákban kerül a nyilvánosság elé.

A proteo.hu domainen belül az újonnan indult Orbis (http://orbis.proteo.hu), a Kolozsvári Protestáns Teológiai Intézet Kutatóközpontjának Adatbázisa további részletes információval szolgál az Intézetben folyó kutatásról. (Az oldal jelenleg fejlesztés alatt áll.)