În conformitate cu Ordinul Ministrului Educaţiei Naţionale nr. 3776 / 10.05.2000, Anexa 1 ITP a obţinut calitatea de Instituţie Organizatoare de Doctorat (I.O.D.) în domeniul fundamental al teologiei. În urma introducerii sistemului Bologna, vechea Şcoală Doctorală a intrat în lichidare. După obţinerea acreditării instituţionale, precum şi a programului de masterat, ITP va implementa reglementările actuale în vigoare pentru actualizarea Şcolii Doctorale proprii. În prezent se desfăşoară activitatea de reorganizare şi de producere a documentaţiei aferente. Nivelul de pregătire a personalului didactic ITP privind competenţa de a forma noi doctori este atestat şi de faptul că începând din septembrie 2010, 1 cadru didactic ITP colaborează cu Şcoala Doctorală a Universităţii de Teologie Reformată din Debrecen (Ungaria) în calitate de conducător de doctorat în cotutelă.

Din 1990 până în prezent ITP a decernat în cadrul unor simpozioane naţionale şi internaţionale titlul de „doctor honoris causa” pentru 44 de teologi sau personalităţi din ţară şi din străinătate care au avut o activitate de cercetare teologică de valoare recunoscută.

În ceea ce priveşte performanţa Şcolii Doctorale ITP, începând din anul 1990 până în prezent şi-au finalizat studiile doctorale 30 de doctoranzi, şi au fost confirmaţi de către Consiliul Naţional de Atestare a Titlurilor, Diplomelor şi Certificatelor Universitare, titlul de doctor în teologie fiind acordat prin Secretariatul de Stat pentru Culte (între 1990 şi 1998) şi prin Ordinul Ministrului Educaţiei, Cercetării şi Tineretului (începând din 1998 până în prezent).