A Romániai Tanügyminisztérium 2000-ben hivatalosan is megerősítette az Intézet doktori képzésre vonatkozó engedélyét. Az Intézet az utolsó doktori címet 2010-ben ítélte oda. 2004-ben elkezdődött a Bolognai tanulmányi rendszerre való fokozatos átállás, amelynek következtében a Doktori Iskola jelenleg átszervezés alatt áll. Az Teológiai Intézetben doktoráltak listája 1990-2010 között itt érhető el.